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探索计算机视觉在微生物学中的应用

Abirami Vina

5 分钟阅读

2025年4月30日

了解微生物学中的计算机视觉如何支持准确的细胞分析、高效的菌落计数和改进的研究实验室诊断。

观察是微生物学的关键部分,研究人员在显微镜下分析细胞、跟踪细菌菌落并监测微生物生长。这些类型的观察任务对于研究和诊断过程都至关重要。

得益于数字成像和自动化领域的最新创新,实验室现在比以往任何时候都产生更多的视觉数据。例如,高分辨率显微镜可以轻松地为单个研究捕获数千张图像。每张图像都包含细微而重要的细节。 

然而,逐个检查它们可能是一个缓慢且不一致的过程。数据的增加对更快、更可靠的图像分析提出了需求。 

帮助实现此过程自动化的关键技术之一是 计算机视觉,它使计算机能够解释和分析来自图像或视频的视觉信息。特别是,像 Ultralytics YOLO11 这样的视觉 AI 模型正被用于通过对细胞进行分类、计数细菌菌落和跟踪微生物生长来支持微生物学研究。 

在本文中,我们将探讨微生物学中的计算机视觉如何改进实验室工作流程,并使科学家能够更高效、更一致地工作。让我们开始吧!

计算机视觉在微生物学中的作用

计算机视觉任务(如物体检测和图像分类)由 YOLO11 等模型提供支持,可用于检测模式、突出重要特征以及自动化重复性实验室任务,否则这些任务会占用宝贵的时间和精力。在我们深入研究具体应用之前,让我们仔细看看计算机视觉在微生物学中的应用。

使用计算机视觉进行细胞分类

细胞分类是微生物学中最关键的基于图像的任务之一。实验室通常使用染色图像来帮助识别细胞类型、检测感染迹象以及突出显示显微镜下的特定细胞特征。手动审查需要时间并且难以扩展。现在,许多实验室正在使用计算机视觉来自动检测、分割和 分类 细胞,以解决这个问题。

例如,在苏格兰的 Monklands 大学医院,一项试点计划使用计算机视觉来改善宫颈癌筛查。从人乳头瘤病毒 (HPV) 检测呈阳性的患者身上采集的样本被数字化,并使用 Vision AI 模型进行处理。该系统分析了细胞结构,并标记了任何具有异常特征的细胞,以供医学专家审查。

这有助于团队在工作流程中更早地确定高风险样本的优先级。因此,切片审查变得更快、更集中,并且他们能够在不改变样本制备或提交方式的情况下处理更多的筛查。

图 1. 使用计算机视觉进行细胞分类可以增强人工智能辅助的宫颈癌筛查。

菌落计数自动化和生长分析

菌落计数是一种实验室技术,用于测量微生物的生长并评估样品对治疗的反应。它广泛应用于疫苗开发、临床测试和食品安全领域。当手动完成时,计数过程可能很复杂,尤其是在菌落重叠或培养皿体积增加时。

为了简化这一点,诸如 实例分割 之类的计算机视觉任务可用于勾勒出菌落边界,测量其大小,并根据每个菌落的形状和扩散来计数每个菌落,即使在重叠的情况下也是如此。 这使得审查过程更快,并且在批次之间更加一致。

例如,一家国际知名的疫苗研究机构正在使用 ProtoCOL 3,这是一种由计算机视觉驱动的先进菌落计数器。该系统扫描多孔板,并分析暴露于抗体后存活的菌落。通过这种自动化,该机构的分析产量从每天 16 块板增加到 300 多块。

图 2. ProtoCOL 3 的概览——菌落计数自动化的一个例子。

使用 AI 增强显微镜图像

微生物学家经常使用显微镜来观察微生物细胞的结构和行为。然而,由于细胞重叠、边界模糊和视觉噪声,显微镜图像通常难以分析。 

这正是实验室转向计算机视觉工具的原因,这些工具通过应用图像分割和 降噪 等技术来提高图像清晰度,然后再对其进行菌落计数或细胞分类等任务的处理。

除此之外,人工智能驱动的图像增强正被用于提高小型细胞结构(如线粒体和脑组织)的低分辨率图像的清晰度。这使科学家能够实时分析重要细节,从而加快研究速度并提高诊断准确性。

图 3. 癌细胞中的线粒体网络,以低分辨率显示(左图),并通过 AI 增强(右图)。

计算机视觉在微生物学中的真实世界应用

既然我们已经讨论了计算机视觉在微生物学中的应用,现在让我们深入了解一些实际应用。

计算机视觉助力药物研究

当我们感觉不舒服时服用的任何药物,即使是像感冒药这样简单的东西,背后都付出了巨大的努力。药物研究是发现和开发治疗疾病的新药的过程,其中一个关键部分包括测试化合物如何影响微生物细胞。科学家通常在培养皿上培养细菌,以观察药物是否可以阻止微生物生长。

我们现在看到像 YOLO11 这样的计算机视觉模型被用于通过目标检测加速培养皿的分析。YOLO11 可以检测和计数细胞,这些见解反过来可以用于跟踪它们对治疗的生长或收缩反应,从而使研究过程更快、更高效。

图 4. 使用 YOLO11 检测细胞的示例。

视觉驱动的临床诊断

虽然药物研究涉及发现和测试新药,但诊断实验室侧重于分析血液等生物样本,以检测感染或疾病的迹象。诊断实验室的目的是提供准确、及时的信息,以帮助诊断病情、监测疾病进展和指导治疗决策。

尽管这些分析的核心见解可能不同,但调查本身非常相似,这就是计算机视觉在该领域也具有影响力的原因。例如,在血液分析中,计算机视觉可用于自动分类血细胞,例如红细胞、白细胞和血小板。 

通过应用图像分类和物体检测,视觉 AI 模型可以准确地检测和分类这些细胞,从而简化审查过程,并帮助研究人员或临床医生专注于需要立即关注的区域。

图 5. 使用计算机视觉检测血细胞。

计算机视觉在微生物学中的优缺点

计算机视觉使微生物实验室能够简化基于图像的任务,从而提高效率和一致性。它可以加速分析、减少人工劳动并提高整个过程的可重复性。以下是在微生物学中使用计算机视觉的一些其他主要优势:

  • 成本效益:自动化图像分析减少了对额外人员的需求,从而降低了劳动力成本,同时提高了生产力。

  • 更少的人工错误: 减少了视觉错误和不一致的观察结果,因为模型对每个图像应用相同的规则。

  • 支持远程和实时使用: 可以从不同的位置处理和审查图像。这有助于研究人员实时协作或监控数据。

  • 可扩展性 随着数据量的增加,计算机视觉系统可以轻松扩展以处理更大的数据集,而无需成比例地增加劳动力或资源。

尽管有这些优势,但也需要考虑一些局限性。为了充分利用视觉人工智能工具,适当的规划、支持和设置至关重要。以下是一些需要注意的关键挑战:

  • 初始成本和设置:开始使用 AI 工具需要在硬件、软件和培训方面进行大量投资,这可能是一些实验室的障碍。

  • 数据隐私和安全:处理敏感数据,尤其是在医疗保健或临床研究中,需要强大的安全措施,以确保符合隐私法规。

  • 与现有系统集成: 如果新工具需要与现有的实验室管理系统或工作流程集成,那么实施 AI 解决方案可能具有挑战性。

  • 持续的维护和更新:AI 模型需要持续的监控、更新和微调才能保持有效性,这可能会消耗大量资源。

视觉人工智能在微生物学中的未来发展方向

计算机视觉在微生物学中的应用正朝着更易于训练且在实际实验室环境中更实用的工具发展。研究人员正专注于需要更少数据即可入门并在实验室条件发生变化时能够更快适应的模型

一个特别引人入胜的进展领域是移动显微镜。人工智能模型现在正被集成到在传统实验室设置之外工作的小型设备中。这些系统捕获显微镜图像并在现场对其进行分析,使其非常适合在基础设施有限的偏远地区使用。

图 6.使用基于智能手机的显微镜进行细胞成像(来源:journals.plos.org)。

主要要点

随着数字成像成为微生物研究的核心,对更快、更一致的分析的需求持续增长。计算机视觉通过快速准确地处理细胞分类、菌落计数和分割等核心任务来帮助满足这一需求。

许多实验室已经从手动审查过渡到人工智能支持的系统。对于处理大量样本或时间紧迫的实验室来说,计算机视觉正迅速成为一种实用的解决方案。这些工具易于集成到现有工作流程中,使实验室无需进行重大更改即可采用它们。

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