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探索计算机视觉在微生物学中的应用

了解微生物学中的计算机视觉如何支持精确的细胞分析、高效的菌落计数以及改进研究实验室的诊断。

观察是微生物学的重要组成部分,研究人员在显微镜下分析细胞、追踪细菌菌落和监测微生物生长。这些观察任务对研究和诊断过程都至关重要。

得益于最近在数字成像和自动化方面的创新,实验室现在能够生成比以往更多的可视化数据。例如,一台高分辨率显微镜可以为一项研究轻松捕捉数千张图像。每张图像都包含微小而重要的细节。 

然而,逐一查看这些数据可能是一个缓慢且不一致的过程。随着数据量的增加,我们需要更快、更可靠的图像分析。 

计算机视觉是帮助实现这一过程自动化的关键技术之一,它使计算机能够解释和分析图像或视频中的视觉信息。尤其是视觉人工智能模型,如 Ultralytics YOLO11等视觉人工智能模型正被用于支持微生物学研究,对细胞进行分类、对细菌菌落进行计数并跟踪微生物的生长情况。 

在本文中,我们将探讨微生物学中的计算机视觉如何改进实验室工作流程,使科学家能够更高效、更一致地工作。让我们开始吧!

计算机视觉在微生物学中的作用

在YOLO11 等模型的支持下,物体检测和图像分类等计算机视觉任务可用于检测模式、突出重要特征,以及自动执行重复性实验室任务,否则这些任务会占用宝贵的时间和精力。在深入探讨具体应用之前,我们先来看看计算机视觉在微生物学中的应用。

利用计算机视觉进行细胞分类

细胞分类是微生物学中最关键的基于图像的任务之一。实验室通常使用染色图像来帮助识别细胞类型、检测感染迹象,并在显微镜下突出特定的细胞特征。人工审核耗时长,而且难以扩展。现在,许多实验室都在使用计算机视觉来自动检测、分割和分类细胞,以解决这一问题。

例如,在苏格兰蒙克兰大学医院,一项试点计划利用计算机视觉来改进宫颈癌筛查。对人类乳头瘤病毒(HPV)检测呈阳性的患者样本进行数字化处理,并使用视觉人工智能模型进行处理。该系统分析了细胞结构,并标记了任何具有异常特征的细胞,供医学专家审查。

这有助于团队在工作流程中更早地确定高风险样本的优先级。因此,幻灯片审查变得更快、更有针对性,他们能够在不改变样本准备或提交方式的情况下处理更多的筛查。

图 1.利用计算机视觉进行细胞分类可提高人工智能辅助宫颈筛查的效果。

菌落计数自动化和生长分析

菌落计数是一种实验室技术,用于测量微生物生长情况和评估样本对处理的反应。它广泛应用于疫苗研发、临床测试和食品安全。人工计数过程可能比较复杂,尤其是菌落重叠或平板体积增大时。

为了简化这一过程,可以使用计算机视觉任务(如实例分割)来勾勒菌落边界、测量其大小,并根据其形状和分布来计算每个菌落,即使在重叠的情况下也是如此。这将使批次间的审查过程更快、更一致。

例如,一家国际知名的疫苗研究机构正在使用ProtoCOL 3,这是一种由计算机视觉驱动的先进菌落计数器。该系统扫描多孔板,分析抗体暴露后存活的菌落。有了这一自动化系统,该机构的产量从每天分析 16 个板增加到 300 多个板。

图 2.ProtoCOL 3 - 菌落总数计数自动化的一个实例。

利用人工智能增强显微图像

微生物学家经常使用显微镜观察微生物细胞的结构和行为。然而,由于细胞重叠、边界模糊和视觉噪音等原因,显微镜图像往往难以分析。 

这正是实验室转向计算机视觉工具的原因所在,这些工具通过应用图像分割和降噪等技术来提高图像的清晰度,然后再对图像进行处理,以完成菌落计数或细胞分类等任务。

除此之外,人工智能驱动的图像增强技术还被用于提高线粒体和脑组织等小细胞结构的低分辨率图像的清晰度。这样,科学家就可以实时分析重要细节,加快研究速度,提高诊断准确性。

图 3.癌细胞中的线粒体网络,以低分辨率显示(左图),并通过人工智能增强(右图)。

计算机视觉在微生物学中的实际应用

现在,我们已经讨论了计算机视觉在微生物学中的应用,让我们深入了解一些现实世界中的应用。

利用计算机视觉开展制药研究

我们身体不舒服时服用的任何药物,即使是简单的感冒药,背后都有巨大的努力。药物研究是发现和开发治疗疾病的新药的过程,其中一个关键部分是测试化合物如何影响微生物细胞。科学家经常在培养板上培养细菌,以观察药物是否能阻止微生物生长。

我们现在看到像YOLO11 这样的计算机视觉模型被用于通过物体检测来加速培养板的分析。YOLO11 可以检测和计数细胞,而这些洞察力反过来又可用于跟踪细胞的生长或缩小对治疗的反应,从而使研究过程更快、更高效。

图 4.使用YOLO11 检测细胞的示例。

视觉驱动的临床诊断

制药研究涉及发现和测试新药,而诊断实验室则侧重于分析血液等生物样本,以检测感染或疾病的迹象。诊断实验室的目的是提供准确、及时的信息,帮助诊断病情、监测疾病进展和指导治疗决策。

尽管这些分析的核心见解可能有所不同,但研究本身却十分相似,这也是计算机视觉在这一领域发挥重要作用的原因。例如,在血液分析中,计算机视觉可用于自动对红细胞、白细胞和血小板等血细胞进行分类。 

通过应用图像分类和物体检测,视觉人工智能模型可以准确地检测到这些细胞并对其进行分类,从而简化审查流程,帮助研究人员或临床医生专注于需要立即关注的领域。

图 5.使用计算机视觉检测血细胞。

计算机视觉在微生物学中的利弊

计算机视觉使微生物实验室能够简化基于图像的任务,提高效率和一致性。它可以加快分析速度,减少人工劳动,提高整个流程的可重复性。以下是在微生物学中使用计算机视觉的其他一些主要优势:

  • 成本效益: 图像分析自动化减少了对额外人员的需求,在提高生产率的同时降低了人工成本。

  • 减少人工错误: 由于模型对每幅图像都采用相同的规则,因此减少了视觉错误和不一致的观察结果。

  • 支持远程和实时使用: 可在不同地点处理和查看图像。这有助于研究人员进行协作或实时监控数据。

  • 可扩展性: 随着数据量的增加,计算机视觉系统可轻松扩展以处理更大的数据集,而无需相应增加人力或资源。

尽管有这些优势,但也有一些局限性需要考虑。要充分利用视觉人工智能工具,适当的规划、支持和设置至关重要。以下是需要牢记的几个关键挑战:

  • 初始成本和设置: 开始使用人工智能工具需要在硬件、软件和培训方面投入大量资金,这可能会成为某些实验室的障碍。

  • 数据隐私和安全: 处理敏感数据,尤其是在医疗保健或临床研究中,需要采取强有力的安全措施,以确保符合隐私法规。

  • 与现有系统集成:如果新工具需要与现有实验室管理系统或工作流程集成,那么实施人工智能解决方案就会面临挑战。

  • 持续 维护 和更新: 人工智能模型需要持续监控、更新和微调才能保持有效性,这可能是资源密集型的。

微生物学领域视觉人工智能的未来之路

微生物学领域的计算机视觉正朝着更易于训练、在实际实验室环境中更实用的工具方向发展。研究人员关注的重点是需要较少数据就能启动的模型,以及在实验室条件发生变化时能更快适应的模型

移动显微镜是一个特别引人入胜的进展领域。现在,人工智能模型已被集成到小型设备中,可在传统实验室之外工作。这些系统可以捕捉显微镜图像并进行现场分析,非常适合在基础设施有限的偏远地区使用。

图 6.使用智能手机显微镜进行细胞成像。

主要收获

随着数字成像成为微生物研究的核心,对更快、更一致的分析的需求不断增长。计算机视觉可以快速、准确地高效处理细胞分类、菌落计数和分割等核心任务,从而帮助满足这一需求。

许多实验室已经从人工审核过渡到人工智能支持系统。对于需要处理大量样本或时间紧迫的实验室来说,计算机视觉正迅速成为一种实用的解决方案。这些工具很容易集成到现有的工作流程中,实验室无需进行重大改动即可采用。

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