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微生物学におけるコンピュータビジョンの応用を探る

Abirami Vina

5分で読めます

2025年4月30日

微生物学におけるコンピュータビジョンが、正確な細胞分析、効率的なコロニー計数、研究室における診断の改善をどのようにサポートできるかを学びます。

観察は微生物学の重要な部分であり、研究者は顕微鏡で細胞を分析し、細菌コロニーを追跡し、微生物の成長を監視します。これらのタイプの観察タスクは、研究プロセスと診断プロセスの両方にとって不可欠です。

デジタルイメージングと自動化の最近の革新のおかげで、研究所はこれまで以上に多くの視覚データを生成しています。たとえば、高解像度顕微鏡は、1回の研究で数千枚の画像を簡単にキャプチャできます。各画像には、微細で重要な詳細が含まれています。 

しかし、それらを個別に処理すると、時間と手間がかかり、一貫性がなくなる可能性があります。このデータの増加により、より高速で信頼性の高い画像分析の必要性が生じています。 

このプロセスを自動化するのに役立つ主要なテクノロジーの1つは、コンピュータが画像またはビデオから視覚情報を解釈および分析できるようにするコンピュータビジョンです。特に、Ultralytics YOLO11のようなVision AIモデルは、細胞の分類、細菌コロニーのカウント、微生物の成長の追跡により、微生物学研究をサポートするために使用されています。 

この記事では、微生物学におけるコンピュータビジョンが、ラボのワークフローをどのように強化し、科学者がより効率的かつ一貫して作業できるようにしているかを探ります。それでは、始めましょう。

微生物学におけるコンピュータビジョンの役割

YOLO11などのモデルを搭載した物体検出や画像分類などのコンピュータビジョンタスクは、パターンを検出し、重要な特徴を強調し、貴重な時間と労力を費やす反復的なラボタスクを自動化するために使用できます。具体的なアプリケーションに入る前に、コンピュータビジョンが微生物学でどのように使用されているかを詳しく見てみましょう。

コンピュータビジョンを用いた細胞分類

細胞分類は、微生物学において最も重要な画像ベースのタスクの1つです。研究室では、細胞の種類を特定し、感染の兆候を検出し、顕微鏡下で特定の細胞の特徴を強調するために、染色された画像がよく使用されます。手動でのレビューは時間がかかり、規模を拡大するのが難しい場合があります。多くの研究室では現在、この課題に対処するために、コンピュータビジョンを使用して細胞を自動的に検出し、セグメント化し、分類しています。

例えば、スコットランドのモンクランズ大学病院では、子宮頸がん検診を改善するために、コンピュータビジョンを使用したパイロットプログラムが実施されました。ヒトパピローマウイルス(HPV)の検査で陽性となった患者からのサンプルをデジタル化し、Vision AI モデルを使用して処理しました。システムは細胞構造を分析し、異常な特徴を持つものを医療専門家によるレビューのためにフラグを立てました。

これにより、チームはワークフローの早い段階でリスクの高いサンプルを優先することができました。その結果、スライドのレビューがより迅速かつ集中的になり、サンプルの準備または提出方法を変更せずに、より多くのスクリーニングを処理できるようになりました。

図1. コンピュータビジョンを使用した細胞分類は、AI支援の子宮頸がんスクリーニングを強化できます。

コロニー数カウントの自動化と成長分析

コロニー数カウントは、微生物の成長を測定し、サンプルが治療にどのように反応するかを評価するために使用される実験技術です。ワクチン開発、臨床試験、食品安全で広く使用されています。手動でカウントを行う場合、特にコロニーが重複したり、プレートの量が増加したりすると、プロセスが複雑になる可能性があります。

これを効率化するために、インスタンスセグメンテーションなどのコンピュータビジョンタスクを使用して、コロニーの境界線を概説し、そのサイズを測定し、重複している場合でも、その形状と広がりに基づいて各コロニーをカウントできます。これにより、バッチ全体のレビュープロセスがより迅速かつ一貫性のあるものになります。

例えば、国際的に認められたワクチン研究施設では、コンピュータビジョンを活用した高度なコロニーカウンターであるProtoCOL 3を使用しています。このシステムは、マルチウェルプレートをスキャンし、抗体曝露後に生存したコロニーを分析します。この自動化により、施設は1日に分析できるプレート数を16枚から300枚以上に増やしました。

Fig 2. コロニー計数自動化の例であるProtoCOL 3の紹介。

AIによる顕微鏡画像の強調

微生物学者は、微生物細胞の構造と挙動を観察するために、日常的に顕微鏡を使用します。ただし、顕微鏡画像は、細胞の重複、不明瞭な境界、および視覚的なノイズのために、分析が困難なことがよくあります。 

研究室が、コロニーのカウントや細胞分類などのタスクのために処理する前に、画像セグメンテーションやノイズ除去などの技術を適用して画像の鮮明さを向上させるコンピュータビジョンツールに注目しているのはまさにこのためです。

これに加えて、AI駆動の画像強調は、ミトコンドリアや脳組織などの小さな細胞構造の低解像度画像の鮮明度を向上させるために使用されています。これにより、科学者は重要な詳細をリアルタイムで分析できるようになり、研究が加速され、診断精度が向上します。

図3 がん細胞内のミトコンドリアネットワーク。低解像度(左)で表示され、AIによって強調されている(右)。

微生物学におけるコンピュータビジョンの現実世界のアプリケーション

コンピュータビジョンが微生物学でどのように使用されているかについて説明したところで、現実世界の応用例をいくつか見ていきましょう。

コンピュータビジョンによって可能になる医薬品研究

体調が悪いときに服用する薬、たとえ風邪薬のような簡単なものであっても、その裏には多大な努力があります。<a href="https://www.ultralytics.com/ja/blog/using-computer-vision-in-the-pharmaceutical-industry">医薬品研究は、病気を治療するための新しい薬を発見し開発するプロセスであり、その重要な部分には、化合物が微生物細胞にどのように影響するかをテストすることが含まれます。科学者は、薬が微生物の増殖を止められるかどうかを確認するために、培養プレート上で細菌を増殖させることがよくあります。

現在、YOLO11 のようなコンピュータビジョンモデルが、物体検出を通じて培養プレートの分析を加速するために使用されています。YOLO11 は細胞を検出およびカウントでき、これらの洞察は、治療に対する細胞の成長または縮小を追跡するために使用でき、研究プロセスをより迅速かつ効率的にします。

Fig 4. YOLO11を使用して細胞を検出する例。

Vision主導の臨床診断

製薬研究が新薬の発見と試験を扱うのに対し、診断ラボは感染症や疾患の兆候を検出するために、血液などの生体サンプルを分析することに焦点を当てています。診断ラボの目的は、病状の診断、疾患の進行状況のモニタリング、治療の意思決定を支援する正確かつタイムリーな情報を提供することです。

これらの分析からの主要な洞察は異なるかもしれませんが、調査自体は非常に似ています。そのため、コンピュータビジョンはこの分野でも影響力があります。たとえば、血液分析では、コンピュータビジョンを使用して、赤血球、白血球、血小板などの血球を自動的に分類できます。 

画像分類と物体検出を適用することで、Vision AIモデルはこれらの細胞を正確に検出および分類し、レビュープロセスを効率化し、研究者や臨床医が緊急の注意を必要とする領域に集中できるように支援します。

Fig 5. コンピュータ vision を使用した血球の検出。

微生物学におけるコンピュータビジョンのメリットとデメリット

コンピュータビジョンにより、微生物学の研究室は画像ベースのタスクを効率化し、効率と一貫性を向上させることができます。分析が加速され、手作業が削減され、プロセス全体の再現性が向上します。微生物学におけるコンピュータビジョンの使用には、他にも次のような重要な利点があります。

  • コスト効率: 画像分析を自動化することで、追加の人員が不要になり、人件費を削減しながら生産性を向上させます。

  • 手動エラーの削減: モデルはすべての画像に同じルールを適用するため、視覚的なエラーや一貫性のない観察が減少します。

  • リモートおよびリアルタイムでの使用をサポート: 画像は、さまざまな場所から処理およびレビューできます。これにより、研究者はリアルタイムでデータを共同で利用したり、監視したりできます。

  • スケーラビリティ: データ量が増加しても、コンピュータビジョンシステムは、労働力やリソースを比例して増加させることなく、より大きなデータセットを容易に処理できるように拡張できます。

これらの利点がある一方で、考慮すべきいくつかの制限事項もあります。Vision AIツールを最大限に活用するには、適切な計画、サポート、および設定が不可欠です。留意すべき主な課題を以下に示します。

  • 初期費用とセットアップ: AIツールを使い始めるには、ハードウェア、ソフトウェア、トレーニングに多額の投資が必要であり、一部の研究室にとっては障壁となる可能性があります。

  • データのプライバシーとセキュリティ:特に医療または臨床研究において、機密データを処理するには、プライバシー規制への準拠を確実にするための堅牢なセキュリティ対策が必要です。

  • 既存システムとの統合: 新しいツールを既存のラボ管理システムやワークフローと統合する必要がある場合、AIソリューションの実装は困難になることがあります。

  • 継続的なメンテナンスとアップデート: AIモデルは、効果を維持するために継続的な監視、アップデート、および微調整が必要であり、リソースを大量に消費する可能性があります。

微生物学におけるVision AIの今後の展望

微生物学におけるコンピュータビジョンは、トレーニングが容易で、実際のラボ環境で使用しやすいツールへと移行しています。研究者たちは、起動に必要なデータが少なく、ラボの条件が変化したときに、より迅速に適応できるモデルに焦点を当てています。

特に興味深い進歩の分野の1つは、モバイル顕微鏡です。AIモデルは現在、従来のラボ環境外で使用できる小型デバイスに統合されています。これらのシステムは、顕微鏡画像をキャプチャし、現場で分析するため、インフラストラクチャが限られた遠隔地での使用に最適です。

図6.スマートフォンを使った顕微鏡による細胞イメージング(出典:journal.plos.org)。

主なポイント

デジタルイメージングが微生物研究の中心となるにつれて、より高速で一貫性のある分析に対する需要が高まり続けています。コンピュータビジョンは、細胞分類、コロニーカウント、セグメンテーションなどのコアタスクを高速かつ正確に処理することで、このニーズを満たすのに役立ちます。

多くの研究所では、すでに手動レビューからAI支援システムに移行しています。大量のサンプルや厳しい納期に対応する研究所にとって、コンピュータビジョンは急速に実用的なソリューションになりつつあります。これらのツールは既存のワークフローに簡単に統合できるため、研究所は大幅な変更なしに導入できます。

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