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Explorando aplicações de visão computacional em microbiologia

Descubra como a visão computacional em microbiologia pode auxiliar na análise precisa de células, na contagem eficiente de colônias e no aprimoramento de diagnósticos em laboratórios de pesquisa.

A observação é uma parte fundamental da microbiologia, em que os investigadores analisam células ao microscópio, track colónias de bactérias e monitorizam o crescimento microbiano. Estes tipos de tarefas de observação são essenciais tanto para a investigação como para os processos de diagnóstico.

Graças às recentes inovações em imagem digital e automação, os laboratórios agora estão produzindo mais dados visuais do que nunca. Por exemplo, um microscópio de alta resolução pode facilmente capturar milhares de imagens para um único estudo. Cada imagem contém detalhes minuciosos e importantes. 

No entanto, analisá-los individualmente pode ser um processo lento e inconsistente. Esse aumento de dados criou a necessidade de uma análise de imagem mais rápida e confiável. 

Uma das principais tecnologias que ajudam a automatizar este processo é a visão por computador, que permite aos computadores interpretar e analisar informações visuais de imagens ou vídeos. Em particular, os modelos de IA de visão como o Ultralytics YOLO11 estão a ser utilizados para apoiar a investigação microbiológica, classificando células, contando colónias de bactérias e acompanhando o crescimento microbiano. 

Neste artigo, vamos explorar como a visão computacional na microbiologia está aprimorando os fluxos de trabalho laboratoriais e permitindo que os cientistas trabalhem de forma mais eficiente e consistente. Vamos começar!

O papel da visão computacional na microbiologia

Tarefas de visão por computador, como a deteção de objectos e a classificação de imagens, alimentadas por modelos como o YOLO11, podem ser utilizadas para detect padrões, realçar caraterísticas importantes e automatizar tarefas laboratoriais repetitivas que, de outra forma, consumiriam tempo e esforço valiosos. Antes de nos debruçarmos sobre aplicações específicas, vamos analisar mais detalhadamente a forma como a visão por computador está a ser utilizada em microbiologia.

Classificação de células usando visão computacional

A classificação celular é uma das tarefas baseadas em imagens mais importantes em microbiologia. Os laboratórios utilizam frequentemente imagens coradas para ajudar a identificar tipos de células, detect sinais de infeção e realçar caraterísticas específicas das células ao microscópio. As revisões manuais demoram tempo e podem ser difíceis de escalar. Muitos laboratórios estão agora a utilizar a visão por computador para detect, segment e classify e classificar as células automaticamente para resolver este problema.

Por exemplo, no Hospital Universitário Monklands, na Escócia, um programa piloto utilizou visão computacional para melhorar o rastreamento do câncer cervical. Amostras de pacientes que testaram positivo para o Papilomavírus Humano (HPV) foram digitalizadas e processadas usando modelos de Visão de IA. O sistema analisou as estruturas celulares e sinalizou qualquer uma com características incomuns para revisão por um especialista médico.

Isto ajudou a equipa a priorizar amostras de alto risco mais cedo no fluxo de trabalho. Como resultado, as revisões de lâminas tornaram-se mais rápidas e focadas, e foram capazes de lidar com mais rastreios sem alterar a forma como as amostras eram preparadas ou submetidas.

Fig. 1. A classificação de células utilizando visão computacional pode melhorar o rastreio cervical assistido por IA.

Automação da contagem de colônias e análise de crescimento

A contagem de colônias é uma técnica laboratorial usada para medir o crescimento microbiano e avaliar como as amostras respondem ao tratamento. É amplamente utilizada no desenvolvimento de vacinas, testes clínicos e segurança alimentar. O processo de contagem pode ser complexo quando feito manualmente, especialmente quando as colônias se sobrepõem ou os volumes de placas aumentam.

Para simplificar isto, tarefas de visão computacional como a segmentação de instâncias podem ser usadas para delinear os limites das colónias, medir o seu tamanho e contar cada colónia com base na sua forma e propagação, mesmo em casos de sobreposição. Isto torna o processo de revisão mais rápido e mais consistente entre os lotes.

Por exemplo, uma instalação de investigação de vacinas reconhecida internacionalmente está a usar o ProtoCOL 3, um contador de colónias avançado alimentado por visão computacional. O sistema examina placas de múltiplos poços e analisa as colónias que sobrevivem após a exposição a anticorpos. Com esta automatização, a instalação aumentou a sua produção de análise de 16 placas para mais de 300 por dia.

Fig. 2. Uma olhada no ProtoCOL 3 - um exemplo de automação de contagem de colônias.

Aprimoramento de imagem de microscopia com IA

Microbiologistas usam regularmente microscópios para observar a estrutura e o comportamento de células microbianas. No entanto, as imagens de microscópio são frequentemente difíceis de analisar devido à sobreposição de células, limites fracos e ruído visual. 

É exatamente por isso que os laboratórios estão a recorrer a ferramentas de visão computacional que melhoram a clareza da imagem, aplicando técnicas como segmentação de imagem e redução de ruído antes de processá-las para tarefas como contagem de colónias ou classificação de células.

Além disso, o aprimoramento de imagem orientado por IA está sendo usado para melhorar a clareza de imagens de baixa resolução de pequenas estruturas celulares, como mitocôndrias e tecido cerebral. Isso possibilita que os cientistas analisem detalhes importantes em tempo real, acelerando a pesquisa e melhorando a precisão do diagnóstico.

Fig. 3. Uma rede mitocondrial numa célula cancerígena, mostrada em baixa resolução (esquerda) e aprimorada por IA (direita).

Aplicações reais da visão computacional em microbiologia

Agora que discutimos como a visão computacional é usada em microbiologia, vamos mergulhar em algumas aplicações do mundo real.

Pesquisa farmacêutica habilitada pela visão computacional

Qualquer medicamento que tomamos quando não estamos nos sentindo bem, mesmo algo tão simples como um remédio para resfriado, tem um enorme esforço por trás dele. A pesquisa farmacêutica é o processo de descoberta e desenvolvimento de novos medicamentos para tratar doenças, e uma parte fundamental disso envolve testar como os compostos afetam as células microbianas. Os cientistas frequentemente cultivam bactérias em placas de cultura para ver se um medicamento pode impedir o crescimento microbiano.

Estamos agora a ver modelos de visão por computador como o YOLO11 a serem utilizados para acelerar a análise de placas de cultura através da deteção de objectos. YOLO11 consegue detect e contar células, e estes conhecimentos podem, por sua vez, ser utilizados para track o seu crescimento ou encolhimento em resposta a tratamentos, tornando o processo de investigação mais rápido e eficiente.

Fig. 4. Um exemplo de utilização do YOLO11 para detect células.

Diagnóstico clínico orientado por visão

Enquanto a investigação farmacêutica se ocupa da descoberta e teste de novos medicamentos, os laboratórios de diagnóstico concentram-se na análise de amostras biológicas, como o sangue, para detect sinais de infeção ou doença. O objetivo dos laboratórios de diagnóstico é fornecer informações precisas e atempadas que ajudem a diagnosticar doenças, monitorizar a progressão da doença e orientar as decisões de tratamento.

Embora os conhecimentos essenciais destas análises possam ser diferentes, as investigações em si são bastante semelhantes, razão pela qual a visão por computador também tem impacto neste domínio. Por exemplo, na análise do sangue, a visão por computador pode ser utilizada para classify automaticamente as células sanguíneas, como os glóbulos vermelhos, os glóbulos brancos e as plaquetas. 

Ao aplicar a classificação de imagens e a deteção de objectos, os modelos de IA da Vision podem detect e categorizar com precisão estas células, simplificando o processo de análise e ajudando os investigadores ou clínicos a concentrarem-se nas áreas que necessitam de atenção imediata.

Fig. 5. Utilização da visão por computador para detect células sanguíneas.

Prós e contras da visão computacional em microbiologia

A visão computacional permite que os laboratórios de microbiologia otimizem as tarefas baseadas em imagens, melhorando a eficiência e a consistência. Ela acelera a análise, reduz o trabalho manual e aumenta a repetibilidade em todos os processos. Aqui estão alguns outros benefícios importantes do uso da visão computacional em microbiologia:

  • Eficiência de custos: A automatização da análise de imagem reduz a necessidade de pessoal adicional, diminuindo os custos de mão de obra e aumentando a produtividade.

  • Menos erros manuais: Erros visuais e observações inconsistentes são reduzidos, pois os modelos aplicam as mesmas regras a todas as imagens.

  • Suporta uso remoto e em tempo real: As imagens podem ser processadas e revisadas de diferentes locais. Isso ajuda os pesquisadores a colaborar ou monitorar dados em tempo real.

  • Escalabilidade: À medida que os volumes de dados aumentam, os sistemas de visão computacional podem ser facilmente escalados para lidar com conjuntos de dados maiores sem exigir aumentos proporcionais em mão de obra ou recursos.

Apesar dessas vantagens, também existem algumas limitações a serem consideradas. Para aproveitar ao máximo as ferramentas de Visão de IA, o planejamento, o suporte e a configuração adequados são vitais. Aqui estão alguns desafios importantes a serem lembrados:

  • Custo inicial e configuração: Começar com ferramentas de IA requer um investimento significativo em hardware, software e treinamento, o que pode ser uma barreira para alguns laboratórios.

  • Privacidade e segurança de dados: O tratamento de dados confidenciais, especialmente em pesquisa clínica ou de saúde, requer medidas de segurança robustas para garantir a conformidade com os regulamentos de privacidade.

  • Integração com sistemas existentes: Implementar soluções de IA pode ser desafiador se as novas ferramentas precisarem se integrar com os sistemas ou fluxos de trabalho de gerenciamento de laboratório existentes.

  • Manutenção contínua e atualizações: Os modelos de IA exigem monitoramento, atualizações e ajustes contínuos para permanecerem eficazes, o que pode consumir muitos recursos.

O caminho a seguir para a Visão de IA em microbiologia

A visão computacional em microbiologia está avançando em direção a ferramentas mais fáceis de treinar e mais práticas para usar em ambientes de laboratório reais. Os pesquisadores estão se concentrando em modelos que precisam de menos dados para começar e podem se adaptar mais rapidamente quando as condições do laboratório mudam.

Uma área de progresso particularmente fascinante é a microscopia móvel. Os modelos de IA estão agora sendo integrados em pequenos dispositivos que funcionam fora das configurações tradicionais de laboratório. Esses sistemas capturam imagens de microscópio e as analisam no local, tornando-os ideais para uso em áreas remotas com infraestrutura limitada.

Fig. 6. Utilização de um microscópio baseado num smartphone para obter imagens de células (Fonte: journals.plos.org).

Principais conclusões

À medida que a imagem digital se torna central para a pesquisa microbiológica, a demanda por análises mais rápidas e consistentes continua a crescer. A visão computacional ajuda a atender a essa necessidade, lidando eficientemente com tarefas essenciais como classificação de células, contagem de colônias e segmentação com velocidade e precisão.

Muitos laboratórios já fizeram a transição de revisões manuais para sistemas com suporte de IA. Para laboratórios que lidam com altos volumes de amostras ou prazos apertados, a visão computacional está se tornando rapidamente uma solução prática. Essas ferramentas são fáceis de integrar aos fluxos de trabalho existentes, permitindo que os laboratórios as adotem sem grandes mudanças.

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